In timpul unui PET scan o substanta numita radiotrasor va fi injectata intr-una dintre venele persoanei investigate (in anumite cazuri, dar destul de rar substanta se poate inhala). Radiotrasorul este o substanta chimica radioactiva care elibereaza mici particule numite pozitroni; un izotop radioactiv al unui element stabil pe care-l insoteste peste tot, permitand recunoasterea si urmarirea sa intr-un sistem.
Majoritatea PET scanurilor utilizeaza un trasor numit fluorodeoxiglucoza (FDG in limba engleza) care este similara glucozei obisnuite, exceptia fiind ca este radioactiva. Avantajul folosirii FDG este ca se comporta la nivelul organismului uman ca o glucoza obisnuita.
Studiind modul in care glucoza se comporta la nivelul organismului poate furniza informatii pretioase cu privire la modul de functionare a unor procese. De exemplu, celulele canceroase utilizeaza glucoza intr-un mod diferit in comparatie cu tesutul normal, facand din FDG un instrument puternic pentru detectarea cancerelor.
Pe masura ce FDG se deplaseaza la nivelul organismului elibereaza pozitroni. Pozitronii se descompun rapid eliberand energie sub forma unor unde gamma. PET scannerul poate detectat aceste unde gamma reconstruindu-le cu ajutorul unui software intr-o imagine 3D. Astfel, in functie de intensitatea acestor unde gamma, imaginea 3D va fi mai mult sau mai putin colorata. Avand in vedere ca tumorile sunt, in principiu, puternic vascularizate si au o activitate metabolica intensa cu un consum important de glucoza, unele cancere pot fi detectate cu ajutorul PET scannerului. PET scannerul mai poat fi folosit in diagnosticul dementei sau inaintea unui transplant cardiac. Exista si alte indicatii ale folosirii acestuia, insa principiul de functionare este, in mare, acelasi.