Problema nu este că omul e prea mare față de atom. Problema este că noi folosim lumina pentru a putea vedea. Atunci cînd luminezi un atom pentru a-l vedea, înseamnă că trimiți spre el fotoni. Prin asta îl deranjezi, îi dai electronii peste cap, îl faci să se miște violent, deci nu poți vedea cum arată un atom în starea lui normală, în repaus, dacă folosești lumina. Dacă însă am putea vedea cu altfel de lumină, care să nu deranjeze atomul și care să se compună din particule suficient de mici pentru a distinge detaliile atomului, atunci da, poate am putea să-l vedem. Dar deocamdată nu cunoaștem nici o astfel de lumină.
O altă problemă este că lumina pe care o folosim are o anumită lungime de undă (ceva mai mică de 1 micron), iar cu o astfel de lumină nu putem vedea detalii mai mici decît lungimea de undă, din cauza fenomenului numit „difracție”. Dar dimensiunea atomului este mult mai mică decît 1 micron. Putem face și lumină cu o lungime de undă din ce în ce mai mică, încît să vedem detalii din ce în ce mai mici, dar atunci fiecare foton al acestei lumini are o energie din ce în ce mai mare, iar asta înseamnă că fotonul deranjează atomul din ce în ce mai mult, pînă îl distruge (îl ionizează).
În prezent putem vedea atomi individuali folosind mai multe feluri de microscop (cu electroni, cu forță atomică, cu efect tunel). Dar în toate cazurile tot ce vedem este un obiect în formă de bilă. Vedem cum sînt aranjați atomii, ce distanță e între ei, distingem între atomii diferitelor elemente, putem chiar să-i mișcăm și să-i aranjăm unul cîte unul cum ne place, dar nu putem vedea din ce se compun.
Deocamdată putem vedea atomul numai cu ochii minții, folosind informațiile (foarte multe) pe care le avem despre structura lui.